安全外壳协议中包括的常见保护措施主要有：1. 访问控制：限制对系统的访问权限，包括身份验证、授权和审计等；2. 数据加密：对数据进行加密保护，防止数据泄露；3. 防火墙：设置防火墙来监控和控制网络流量，阻止潜在的攻击；4. 安全审计：对系统进行定期的审计和监控，发现潜在的安全隐患；5. 安全更新：及时更新系统和应用程序的安全补丁，修复已知的安全漏洞；6. 业务持续性计划：制定业务持续性计划，确保系统在遭受攻击或灾难时能够快速恢复正常运行。除此之外，还可以采取多因素身份验证、安全培训等措施来加强安全保护。
例如，对于访问控制，可以实施基于角色的访问控制（RBAC），通过角色来管理用户的权限，确保用户只能访问其需要的资源；对于数据加密，可以采用端到端的加密技术，保护数据在传输和存储过程中的安全；对于安全更新，可以建立一个自动化的安全更新机制，及时更新系统和应用程序的安全补丁，减少漏洞被利用的可能性。
总之，安全外壳协议需要综合考虑多种保护措施，从技术、管理和人员培训等方面全面提升系统的安全性。