处理安全外壳协议中的违规行为和安全漏洞需要有针对性的措施。首先，对于违规行为，需要建立严格的监管机制和内部控制制度，以防止员工违规操作。其次，需要加强对员工的安全意识培训，让员工了解安全外壳协议的重要性并严格遵守相关规定。另外，建议建立举报渠道，鼓励员工发现违规行为进行举报。
对于安全漏洞，建议定期进行安全漏洞扫描和漏洞修复工作，确保系统的安全性。同时，建议与安全外壳协议的供应商保持密切联系，及时了解最新的安全漏洞信息，并及时更新补丁。此外，可以考虑引入第三方安全机构进行安全审计，发现潜在的安全漏洞并进行修复。
在处理安全外壳协议中的违规行为和安全漏洞时，需要建立完善的应急预案，一旦发生安全事件能够迅速响应并采取有效措施。同时，建议加强与相关部门的沟通合作，共同维护安全外壳协议的安全稳定。
总之，处理安全外壳协议中的违规行为和安全漏洞需要综合运用制度建设、技术手段和管理措施，保障安全外壳协议的安全运行。